Fizikalno-kemijske značajke podzemnih voda odražavaju svojstva naslaga s kojima dolaze u kontakt, otapajući stijene kroz koje se kreću, a u priobanim područjima naglašen je i utjecaj miješanja s morem. Osim prirodnih utjecaja, na kakvoću vode utjecaj imaju i brojni antropogeni faktori od kojih su na predloženim pilot područjima najvažniji poljoprivredne aktivnosti. Stoga će za praćenje utjecaja spomenutih pojava i aktivnosti na kakvoću podzemnih i površinskih voda biti uspostavljen monitoring na 5 lokacija na području Blatskog polja na Korčuli, sedam lokacija na području sliva Bokanjac-Poličnik kod Zadra i dvije lokacije na području sliva Vranskog jezera na otoku Cresu, pri čemu će se na jednoj od tih lokacija – najdubljem dijelu jezera praćenje odvijati po cjelokupnom vertikalnom jezerskom profilu. Na pilot području Blatsko polje kakvoća podzemne vode pratit će se na 5 lokacija tijekom razdoblja trajanja projekta. Na tri lokacije će se postaviti automatski mjerači kojima će se u satnim intervalima pratiti razina podzemne vode, temperatura, elektrovodljivost i mutnoća. Pored toga, na 5 lokacija (spomenute tri te dvije dodatne) će se u mjesečnim intervalima uzorkovati podzemna voda kako bi se napravile hidrokemijske laboratorijske analize za određivanje osnovnog ionskog sastava (Ca, Mg, Na, K, HCO3, Cl, SO4), nitrata i metala iz čega će se odredili hidrokemijski facijesi i utjecaji antropogenih aktivnosti, prvenstveno poljoprivrede. Na pilot području Bokanjac-Poličnik kakvoća podzemne vode pratit će se na 7 lokacija (četiri zdenca, tri bušotine) tijekom razdoblja trajanja projekta. Na četiri zdenca će se postaviti automatski mjerači kojima će se u satnim intervalima pratiti razina podzemne vode, temperatura i elektrovodljivost, a na tri bušotine pratiti će se isti parametri u istim vremenskim inkrementima na dvije različite dubine. Pored toga, na zdencima će se u različitim hidrološkim uvjetima uzorkovati podzemna voda kako bi se napravile hidrokemijske laboratorijske analize za određivanje osnovnog ionskog sastava (Ca, Mg, Na, K, HCO3, Cl, SO4), nitrata i metala iz čega će se odredili hidrokemijski facijesi i utjecaji antropogenih aktivnosti, prvenstveno poljoprivrede. Kako vodoopskrba šireg područja Zadra ovisi ne samo o vodozahvatima na neposrednom pilot području, nego i o zahvaćenim količinama voda na izvorištu Muškovci u slivu Zrmanje, pa i iz samog površinskog toka Zrmanje, modeliranje ekstremnih stanja mutnoća će se provesti i za tako udaljenije lokalitete, a čiji se utjecaj manifestira i nosi zdravstvene rizika na neposrednom slivnom području. Na pilot području Vransko jezero na otoku Cresu osnovni parametri kakvoće voda (elektrovodljivost, temperatura vode) će se pratiti na zahvatu vode iz jezera, na dva piezometra u krškom zaleđu vodozahvata, kao i po visini vertikalnog stupa vode na najdubljem dijelu jezera (na predvidivo 4 dubine). Uz to, kontinuirana praćenja spomenutih parametara biti će uspostavljena i na dva lokaliteta koncentriranih istjecanja otočkih podzemnih voda u more – vrulji Vrutak na zapadnoj obali otoka Cresa, kao i priobalnom izvoru Lukavac na istočnom. Monitoring kakvoće vode omogućit će praćenje dinamike i određivanje hidrogeoloških značajki krških vodonosnika pokrivenih pilot područjima iz čega će se moći utvrditi koliko je svako od istraživanih područja ugroženo i osjetljivo na različite vanjske utjecaje.